Il Dipartimento di Informatica, Università degli Studi di Milano ha recentemente concluso il progetto europeo ParBigMen. Il progetto è durato due anni, dal 2020 al 2022, ed è stato svolto in collaborazione con il Dipartimento di Science Ecologiche and Biologiche (DEB) all'Università della Tuscia, Viterbo, e The Jackson Laboratory for Genomic Medicine, Farmington, CT (USA).
L'obiettivo del progetto è stato scoprire varianti patogeni associate con malattie genetiche, usando metodi avanzati di Machine Learning e High Performance Computing. In particolare, lo scopo è stato migliorare i risultati ottenuti fin d'ora nel contesto di malattie Mendeliane tramite un dataset espanso. Ciò ha richiesto computazioni particolarmente onerose, eseguite sfruttando le risorse HPC di SuperMUC-NG, un cluster HPC tra i primi 10 supercomputer al mondo.
Configurando i parametri dei modelli di apprendimenti, i ricercatori hanno scoperto con successo il minimo set di caratteristiche genomiche in un tempo ragionevole (12 ore sul cluster SuperMUC-NG, in confronto ad una stima di 2 anni su una singola macchina). Il software sviluppato è disponibile a https://github.com/AnacletoLAB/parSMURF-NG.
News da prof. Giorgio Valentini, Dipartimento di Informatica, Università degli Studi di Milano
